A zsámbéki templom műemlékvédelmének története tulajdonképpen a magyar műemlékvédelem története is. Lassan ez is 150 évnyi az épületegyüttes életében. A XIX. század második felének neves magyar polihisztor műemlékvédői mind foglalkoztak a templommal. Így Rómer Flóris, Henszlmann Imre, Feszl Frigyes. Amikor 1881-ben létrejött a Műemlékek Országos Bizottsága, elsőként napirendre került a zsámbéki rom ügye. 1889-ben Trefort Ágoston vallás- és közoktatási miniszter Möller István (1860-1934) építészt bízta meg a zsámbéki munkák vezetésével. 1889 júliusától októberig folytak a munkák. A munkákra fordítható kis összeget gazdaságosan használta fel. A templom alá futó pincéket megerősítette, befalazta, az omlásveszélyt elhárította, a további széthordást megakadályozandó, a templomot bekeríttette.
Kő és tégla kiegészítéseket alkalmazott a templomon. Az anyagiak szűkössége kötötte meg a kezét, téglát csak ott alkalmazott, ahol ideiglenesnek tekintette a megerősítést, kiegészítést. Möller álma volt, hogy a templomot egyszer újjáépíthesse. A későbbiekben ünnepelt eltérő anyaghasználat nem a műemlékvédelmi elveket megelőző egyéni szemlélet volt, hanem anyagi szükségszerűség.
Az 1905-ben a zsámbéki Zichy-kastélyba költöző Keresztes Nővérek sokféle építési munkába fogtak. 1922-ben megbízták Möllert további tervek készítésére, hogy a templomot is használatba vehessék. De a MOB nem engedélyezte a templomrom kiépítését.
1931 vége felé leomlott egy árkádív. A következő év folyamán Möller vezette a helyreállítási munkákat. Főleg a déli mellékhajó korábban elmaradt megerősítéseit végezte el. A templom északi oldalán megkezdett kolostor-feltárás befejezésében 1934-ben bekövetkezett halála gátolta meg.
1934-ben Lux Kálmán professzor és fia Lux Géza vette át a zsámbéki munkák irányítását. Feltárták a kolostor kerengőjét és a templomot, felmérték a templomromot, összegyűjtötték a faluból a faragott köveket. A kapott pénzekből minden évben dolgoztak, egészen 1939-ig. A kolostor és a kerengő falait konzerválták, betonlepénnyel fedték, részben rekonstruálták a kerengő nyílásait.
1945-ben két találatot kapott a templom, mindkét torony megsérült, amit még 1946-ban kijavítottak.
1957-ben, a szerzetesrendek szétszóratása idején, amikor még a gondolatokat is cenzúrázták, Fényi Ottó rendtársunk reményt ébresztett a csüggedő rendtársakban. Zsámbék és a premontrei szerzetesélet újjáéledésének a lehetőségét rejtegette a zsámbéki templom és a kolostorrom. Sokakat megnyert az ügynek, ennek eredménye az a „társadalmi munkában” készített terv, amelyet a Műszaki Egyetem legkiválóbb professzorai, Pogány Frigyes, Pelikán József nevei fémjeleznek. Arra vállalkoztak fiatal munkatársaikkal együtt – Balázs Évával, Gilyén Nándorral – hogy a Möller és Lux által már megerősített falakat térré formálják. Templomot és kolostort terveztek, amikor ez teljes képtelenségnek tűnt. Nem is jutott el a megvalósításig, Csak a tervek készültek el és a makett az északi fal hiányának acél-üveg pótlásával.
A ’80-as évek végének, a ’90-es évek elejének kutatásai után Sedlmayr János és műterme kapta a templom újabb megerősítésének, konzerválásának feladatát, amelyet már az akkori kornak megfelelően erős társadalmi figyelem és kritika kísért. Sedlmayr korábbiaktól tudatosan eltérő klinkertégla kiegészítéseket, megerősítéseket alkalmazott az épületen. A templom déli tornyához csatlakozó új csigalépcső és a déli kapu téglacsorbás befejezése sok módosításával, későbbi meszeléssel való tompításával nagyon sok kritikát kapott. A sok vita kereszttüzében felőrlődött tenni akarás immár 15 éve az enyészetre bízza a jövőt. És a klinkertégla állapota rosszabb, mint a Möller által alkalmazott, több mint 100 éves tégláké.